2026년 기준 1가구 2주택 양도소득세 장기보유특별공제 적용 정리

2026년 기준 1가구 2주택 양도소득세 장기보유특별공제 적용 정리

 

2026년 현재 1세대 2주택자의 양도소득세 부담은 주택을 언제 파느냐, 그리고 해당 주택이 조정대상지역에 위치해 있는지 여부에 따라 크게 달라집니다. 특히 다주택자 양도세 중과 한시 유예 조치가 적용되고 있어, 양도 시점에 따라 장기보유특별공제(이하 장특공제) 가능 여부와 세율이 완전히 달라질 수 있다는 점에 주의할 필요가 있습니다.

 

1. 다주택자 양도세 중과 유예 기간(2026년 5월 9일까지)의 적용 내용

 

현재 정부는 주택 거래 활성화와 시장 연착륙을 위해 다주택자에 대한 양도소득세 중과 규정을 한시적으로 유예하고 있으며, 이 조치는 2026년 5월 9일까지 적용됩니다.

이 유예 기간 동안에는 1세대 2주택자라도, 보유 기간이 2년 이상인 주택을 양도하는 경우라면 주택이 조정대상지역에 있더라도 장기보유특별공제를 적용받을 수 있습니다. 즉, 평소라면 중과 대상이 되어 공제 자체가 배제되었을 조정대상지역 주택도, 유예 기간 내 양도라면 일반 부동산과 동일한 공제 체계를 적용받게 됩니다.

이 경우 적용되는 장특공제율은 연 2%로 계산되며, 최대 15년 이상 보유 시 30% 한도까지 공제가 가능합니다. 다만 이는 1세대 1주택자에게 적용되는 최대 80% 공제율과는 명확히 구분되는 것으로, 다주택자에 대한 공제율은 상대적으로 제한적이라는 점은 유의해야 합니다.

 

2. 중과 유예 종료 이후(2026년 5월 10일 이후)의 변화

 

만약 정부가 별도의 추가 연장 조치를 시행하지 않는다면, 2026년 5월 10일 양도분부터는 다주택자 양도세 중과 규정이 다시 원칙적으로 적용됩니다.

우선, 조정대상지역 내 주택을 양도하는 경우에는 기본 양도소득세율에 20%포인트가 가산되는 중과세율이 적용되며, 이와 동시에 장기보유특별공제는 전면 배제됩니다. 즉, 보유 기간이 아무리 길더라도 공제를 전혀 받을 수 없게 되어, 세 부담이 크게 증가할 수 있습니다.

반면, 비조정대상지역에 위치한 주택의 경우에는 중과 대상 자체가 아니므로, 중과 유예 종료 여부와 관계없이 기존과 동일하게 장기보유특별공제를 적용받을 수 있습니다. 이 경우에도 공제율은 연 2%씩 누적되어, 최대 30% 한도까지 공제가 가능합니다.

따라서 1세대 2주택자라 하더라도, 주택의 위치가 조정대상지역인지 여부에 따라 유예 종료 이후 세 부담의 차이가 매우 크게 벌어질 수 있습니다.

3. 일시적 1세대 2주택자에 대한 특례 적용

 

한편, 단순한 투자 목적의 다주택자와 달리, 이사·직장 이동·자녀 교육 등의 사유로 일시적으로 2주택자가 된 경우에는 별도의 특례 규정이 적용됩니다.

이러한 일시적 1세대 2주택자는 신규 주택 취득 후 종전 주택을 일정 기간 내(통상 3년 이내)에 처분하면, 세법상 1세대 1주택자로 간주됩니다.

이 경우에는 다주택자 중과 규정이 적용되지 않을 뿐 아니라, 양도가액 12억 원까지 비과세 혜택을 받을 수 있으며, 보유 기간과 거주 기간 요건을 충족할 경우 최대 80%에 이르는 높은 장기보유특별공제율도 함께 적용받을 수 있습니다.

즉, 형식적으로는 2주택 상태라 하더라도 실질이 ‘일시적 보유’로 인정된다면, 가장 유리한 1세대 1주택 세제 혜택을 그대로 누릴 수 있는 구조입니다.

 

종합 정리

 

2026년 기준으로 1세대 2주택자의 양도소득세는

 

• 양도 시점이 중과 유예 기간인지 여부,
• 주택이 조정대상지역에 위치하는지 여부,
• 일시적 2주택 특례 적용 가능성

에 따라 세 부담이 극명하게 달라집니다.

 

특히 조정대상지역 주택을 보유한 2주택자의 경우, 2026년 5월 9일 이전 양도 여부가 장기보유특별공제 적용의 분기점이 될 수 있으므로, 매도 시기 결정에 있어 세무적인 검토가 반드시 필요합니다.

실제 양도 계획이 있다면, 보유 기간·취득 시점·주택 소재지·특례 적용 가능성 등을 종합적으로 검토한 뒤 전문가 상담을 통해 최적의 양도 시점을 결정하는 것이 바람직합니다.