대주주 주식 양도소득세 판단 기준일과 적용 방식 안내

대주주 주식 양도소득세 판단 기준일과 적용 방식 안내

 

주식 양도소득세에서 가장 혼동하기 쉬운 부분 중 하나가 바로 ‘대주주 여부를 언제 기준으로 판단하느냐’입니다. 많은 투자자들이 매도 시점만을 기준으로 생각하기 쉽지만, 실제로는 양도일이 속한 사업연도의 직전 사업연도 종료일을 기준으로 대주주 여부가 결정됩니다. 일반적으로 이 기준일은 매년 12월 31일입니다.

즉, 2026년에 주식을 매도한 경우라면, 그 해의 대주주 해당 여부는 2025년 12월 31일 현재 보유 주식 현황을 기준으로 판단하게 됩니다. 이 기준에 따라 해당 종목에 대해 2026년 한 해 동안 대주주로 분류될지 여부가 미리 정해지는 구조입니다.

 

1. 대주주 판단 기준일과 실질적인 매매 시점

 

2026년 주식 양도분에 대해 대주주 여부를 결정하는 핵심 날짜는 다음과 같습니다.

대주주 판단 기준일은 2025년 12월 31일입니다. 이 날짜 기준으로 보유하고 있는 주식의 시가총액이나 지분율이 대주주 요건에 해당한다면, 2026년 중 해당 종목을 매도할 때 양도소득세가 부과됩니다.

다만, 상장주식은 매매 체결일이 아니라 결제일 기준(T+2)으로 주식 보유 여부를 판단합니다. 즉, 거래일로부터 2영업일이 지나야 실제 주식 소유권이 이전됩니다.

이 점을 고려하면, 2025년 12월 31일 기준 보유 주식을 줄이거나 정리하고자 할 경우, 늦어도 12월 26일까지는 매도 거래를 체결해야 결제일이 연말 이전으로 반영됩니다. 일반적으로 12월 31일이 휴장일인 경우 실질적인 결제 기준일은 12월 30일이 되므로, 이 역시 함께 고려해야 합니다.

 

2. 2026년 적용되는 대주주 요건

 

2025년 말 기준으로 아래 요건 중 하나라도 충족하는 경우, 해당 투자자는 2026년 동안 그 종목에 대해 대주주로 분류되어 주식 양도 시 양도소득세 납부 대상이 됩니다.

먼저 시가총액 기준입니다. 특정 종목의 주식을 50억 원 이상 보유하고 있는 경우 대주주에 해당합니다. 이 기준은 2024년에 상향 조정된 이후 2026년에도 그대로 유지되고 있습니다.

다음으로 지분율 기준이 적용됩니다. 시장별로 기준이 다르며,

 

• 코스피 상장 종목은 지분율 1% 이상,
• 코스닥 상장 종목은 2% 이상,
• 코넥스 상장 종목은 4% 이상을 보유한 경우 대주주로 분류됩니다.

이 중 어느 하나만 충족해도 대주주 요건에 해당하므로, 시가총액이 50억 원에 미치지 않더라도 지분율 기준을 넘으면 과세 대상이 될 수 있어 주의가 필요합니다.

 

3. 대주주 판정 시 유의해야 할 예외 사항

 

대주주 판단에는 몇 가지 중요한 예외 및 주의사항이 존재합니다.

우선 연중 추가 취득의 경우입니다. 직전 연도 말 기준으로는 대주주에 해당하지 않았더라도, 해당 연도 중 주식을 추가로 매수하여 지분율 요건을 충족하게 되면, 그 요건을 충족한 날부터 대주주로 전환됩니다. 이 경우 이후 매도분에 대해서는 양도소득세가 부과될 수 있습니다.

또한 가족 지분 합산 규정도 매우 중요합니다. 최대주주의 경우 본인 명의의 주식뿐만 아니라 배우자, 직계존비속 등 특수관계인이 보유한 주식까지 합산하여 대주주 여부를 판단합니다. 따라서 개인 명의 보유분만 보면 기준에 미달하더라도, 가족 지분을 합산하면 대주주로 분류되는 사례가 적지 않습니다.

 

4. 주식 양도소득세 신고 및 납부 일정

 

대주주에 해당하여 주식 양도소득세 납부 대상이 되는 경우, 세금 신고는 반기별 예정신고 방식으로 진행됩니다.

 

• 해당 연도 상반기(1월~6월)에 주식을 양도한 경우에는 8월 말까지 신고 및 납부해야 하며,
• 하반기(7월~12월) 양도분에 대해서는 다음 해 2월 말까지 신고·납부해야 합니다.

신고와 납부는 국세청 홈택스를 통해 전자 신고 방식으로 진행할 수 있으며, 미신고 또는 기한 경과 시 가산세가 부과될 수 있으므로 기한 관리가 매우 중요합니다.